港区分主支港池,海域面积27平方公里。主港池前内澳(包括岛砂、中内澳)海域面积10平方公里;支港池大沪澳海域面积2平方公里,南寨澳海域3平方公里,东山澳海域面积2平方公里、后内澳海域面积10平方公里。1973~1981年在小屿门兴建防波堤,长730米,高程8~9.5米,大大改善泊稳条件。目前港内设有供水、供电及生活补给等设施。