此后,随着藤原氏之隆盛而兴隆,成为南都七大寺之一,并为法相、俱舍教学之中心道场,人才辈出。平安时代,兼管春日社,威势更盛,拥有庞大之庄园与僧兵。镰仓、室町时代以后,由于兵乱频仍,僧众纷纷自立门户,庄园又多为募府所收回,故寺势逐渐衰落。明治维新之际,百余塔头尽皆废绝,乃隶属于真言宗。明宗十五年(1882)独立,成为法相宗大本山。
自天平宝字元年(757)慈训担任别当以来,本寺寺务由别当、权别当管理。中世以降,别当一职由一乘院、大乘院两门迹轮流担任。又,本寺多次遭回禄之灾,现存建筑物有中金堂、东金堂、南圆堂、北圆堂、五重塔、三重塔、大御堂(菩提院,俗称十三钟)等。其中,北圆堂、三重塔为镰仓中期再建;东金堂、五重塔则为室町初期再建。本寺寺宝丰富,现存国宝、重要文化财级之贵重文物多达百余件。
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